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治理土壤污染一般是比较困难的，特别是大面积的治理更困难。常用的措施：把污染物质浓度高的上层翻至下层，而把浓度低的下层翻至上层，以此稀释耕层中污染物质的浓度。如果耕层以下土层中污染物质浓度高，则此法无效。此外，土层浅薄，翻耕法也无效。再者，为使翻上来的心土熟化，还必须考虑施用土壤改良剂和增加施肥量。
施用客土系指在现有的污染土上覆上一层未污染土壤。换土系指将受污染的耕层挖除至适当深度后再填入未污染土壤。覆盖客土使耕地地面增高，因此在稻田的情况下会使水浆管理产生困难，所以客土量是受限制的，客土效果常常是不大的。目前，采取换土的办法居多。无论客土、换土或深翻，对小面积污染严重的土壤均可采用。但对换下来的土壤一定要妥善处理，客土的厚度一般为10～25厘米。将污染的土壤深翻到下层也可以。这些工程都很大，一般的人力手工操作难以办到。故对大面积的换土与深翻，适用于机械操作。
了解有害金属元素的特性及其在土壤中的活动，对于研究某些能使作物减少吸收该元素的方法来说，是极为重要的。在自然条件下重金属的自然背景值保持着极为缓慢的动平衡而很少发生变化。与此相反，在耕种条件下人为活动使土壤环境发生变化，从而也使土壤中重金属的活动发生变化。这就是说，在自然土壤中这些物质的变化是在很长的时间里完成的，而在耕种土壤中这些变化是在极短的时间里完成的，这些变化对制定减少有毒物质吸收的措施则是很重要的。从这一观点出发，改良受重金属污染的土壤的根本措施是施用客土，但是我们不能在任何情况下总是局限于追求永久性效果，排土、客土这样的根本性措施也不是一成不变。即使是采取这样的根本性措施也要作到因地制宜，在污染程度轻而不宜于采取排土、客土措施的情况下，可考虑利用土壤中污染物质的特性（难溶化），施用改良剂来防治土壤污染。在土壤受重金属（如镉、铜、锌等）污染的情况下，施用石灰性物质提高土壤pH可使重金属形成氢氧化物沉淀；施用促进还原的有机物质可使重金属形成硫化物沉淀；施用磷酸盐物质可使重金属形成难溶性磷酸盐；利用离子拮抗减少植物对重金属的吸收，所有这些措施都可考虑采用。
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